車證是否可以跨區使用？這是併校後許多同學的共同疑問。
106學年度上學期九月初時公告之「南大校區106學年度學生機(踏)車停車證申請注意事項」，學權部發現與光復校區總務處駐警隊6月29日發布之「106學生換證公告」有二處明顯落差：
光復校區學生申請不限制「機車、腳踏車擇一」，然南大校區限機車、腳踏車擇一申請。
光復校區機車識別證規定貼於「機車正面」明顯位置處，但南大校區公告為「停車證應黏貼於機(踏)車身後方明顯處(如車牌或後擋泥板)」。
反應兩校區機車、腳踏車管理辦法差異
對此差異，學生會向南大校區負責學生機踏車申請及管理業務之教官反應，並同時詢問許多同學的相關疑問：
光復校區申請不限制「機車、腳踏車擇一」，南大校區同學申請依然限制只可擇一申請嗎？
光復校區學生證是否可以自南大校區正門刷卡進入南大校區？
光復校區與南大校區停車證張貼位置差異是否有協調統一張貼於一處呢？
後續追蹤，解惑！
學權部追蹤後續處理情形，南大校區教官回應：
兩校區機車申請都適用本校「校園車輛管理辦法」，所以南大校區學生不限制擇一申請。
目前因系統整合問題,校本部學生機車如需從南大校區正門刷卡進入，必須先拿學生證到南大校區學生工作組設定，建議暫時可先停放推廣大樓後方停車棚。
經與駐警隊協調停車證張貼位置，南大校區如為了查察方便，仍可張貼於機車後方，所以對於申請同學並無特別規定貼於前方或後方。駐警隊也表示校本部查察時會仔細檢查整輛機車是否有貼停車證。
可以確定：自106學年起具合格車證之機車、腳踏車可以跨校區停放，惟因南大校區正門機車閘門系統尚未整合，目前尚需自行持學生證至南大校區學生工作組設定後方可刷卡進入，同學亦可停放於推廣大樓（9大樓）後方停車棚，不需刷學生證即可進入停放。
車證黏貼位置固然兩校區辦法有所落差，但兩校區管理單位皆會仔細確認過整輛機車車身是否有黏貼車證，不因辦法落差而致使同學受罰、權益受損。