從這個學期開始，由於清竹合校的緣故，兩校區開始在各方面出現交流，以學生需求來說有：選課、住宿、社團等等，再加上校內大型活動（如：運動會、校慶、畢業典禮）舉辦，對於校園公車運作而言是相當大的考驗。交通車班表在安排上以穩定性為基礎，然而在合校後面臨到兩項挑戰：一個是「非固定需求」出現，難以透過統計數據預測的需求（像是突然舉辦的活動），將對原先固定搭車的需求產生影響，尤其在班距稍大的情況下會更嚴重；另一個是「時空間條件」限制，交通車在校區間移動單趟需要15-25分鐘（視尖峰時段與否而有差別），然而下課時間可能只有20分鐘，若有學生於不同校區接連排定課程，交通車很難確保絕對不會漏接。
這兩項挑戰皆非校巴系統內部能自行解決的問題（不是調動班表就沒事），不應將罪責歸於行政單位的事務組，但兩校區需要交流也不是學生的錯誤，而是在兩校合併前缺乏具體規劃必然產生的惡果。眼下唯一能想像的解決方案，在於能否使校巴運作上更有彈性，當臨時出現大量需求可以緊急發車。這可能無法仰賴既有校巴系統，而只能作為配套措施外加其上，同時還有經費考量的問題。然而真正的挑戰將發生在五年過後，那不僅是兩校區預定整合的期程，同時還是合校經費補助的期限，若合併期程延宕的情形出現（「土木清華」並非浪得虛名），那真會成為校巴系統的崩解危機。
編按：如有同學對於校巴、區間車的班表規劃有興趣，亦或有任何改善建議，歡迎私訊學生會粉專：清華大學學生會( NTHUSA )，也歡迎加入學權部校巴小組，共同參與。